新疆医科大学招生专业共计有45个，分别为临床医学（本硕连读）、医学影像学、预防医学、中西医临床医学、医学检验技术、康复治疗学、信息管理与信息系统、公共事业管理等，具体更多完整招生专业请看下表。
| 序号 | 专业名称 | 本专科 |
| 1 | 汉语言 | 本科专业 |
| 2 | 英语 | |
| 3 | 生物医学工程 | |
| 4 | 临床医学（本硕连读） | |
| 5 | 临床医学 | |
| 6 | 麻醉学 | |
| 7 | 医学影像学 | |
| 8 | 口腔医学 | |
| 9 | 预防医学 | |
| 10 | 中医学 | |
| 11 | 针灸推拿学 | |
| 12 | 维吾尔医学 | |
| 13 | 哈萨克医学 | |
| 14 | 中西医临床医学 | |
| 15 | 药学 | |
| 16 | 中药学 | |
| 17 | 法医学 | |
| 18 | 医学检验技术 | |
| 19 | 医学影像技术 | |
| 20 | 康复治疗学 | |
| 21 | 护理学 | |
| 22 | 信息管理与信息系统 | |
| 23 | 公共事业管理 | |
| 24 | 临床医学（乡村医师） | 专科专业 |
| 25 | 口腔医学 | |
| 26 | 医学营养 | |
| 27 | 医学影像技术 | |
| 28 | 康复治疗技术 | |
| 29 | 口腔医学技术 | |
| 30 | 医学检验技术 | |
| 31 | 医学美容技术 | |
| 32 | 司法鉴定技术 | |
| 33 | 中医学（乡村医师） | |
| 34 | 针灸推拿 | |
| 35 | 中药学 | |
| 36 | 药学 | |
| 37 | 药物制剂技术 | |
| 38 | 药物分析技术 | |
| 39 | 卫生监督 | |
| 40 | 卫生信息管理 | |
| 41 | 公共卫生管理 | |
| 42 | 护理学 | |
| 43 | 保险实务 | |
| 44 | （药品）市场营销 | |
| 45 | 社区康复 |
1、国家级特色专业（6个）：预防医学、药学、临床医学、维医学、中医学、针灸推拿学
2、国家中医药管理局重点学科（8个）：中维西医结合临床、中医骨伤科学、中医各家学说、中医皮肤病学、中医老年病学、临床中药学、中医络病学（培育）、中医文化学（培育）
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