南京的本科大学有南京大学、东南大学、南京航空航天大学、南京理工大学、南京工业大学等；南京的专科大学有南京工业职业技术学院、江苏经贸职业技术学院、江苏联合职业技术学院等。
| 学校名称 | 学校标识码 | 主管部门 | 所在地 | 办学层次 | 备注 |
| 南京大学 | 4132010284 | 教育部 | 南京市 | 本科 | |
| 东南大学 | 4132010286 | 教育部 | 南京市 | 本科 | |
| 南京航空航天大学 | 4132010287 | 工业和信息化部 | 南京市 | 本科 | |
| 南京理工大学 | 4132010288 | 工业和信息化部 | 南京市 | 本科 | |
| 南京工业大学 | 4132010291 | 江苏省 | 南京市 | 本科 | |
| 南京邮电大学 | 4132010293 | 江苏省 | 南京市 | 本科 | |
| 河海大学 | 4132010294 | 教育部 | 南京市 | 本科 | |
| 南京林业大学 | 4132010298 | 江苏省 | 南京市 | 本科 | |
| 南京信息工程大学 | 4132010300 | 江苏省 | 南京市 | 本科 | |
| 南京农业大学 | 4132010307 | 教育部 | 南京市 | 本科 | |
| 南京医科大学 | 4132010312 | 江苏省 | 南京市 | 本科 | |
| 南京中医药大学 | 4132010315 | 江苏省 | 南京市 | 本科 | |
| 中国药科大学 | 4132010316 | 教育部 | 南京市 | 本科 | |
| 南京师范大学 | 4132010319 | 江苏省 | 南京市 | 本科 | |
| 南京财经大学 | 4132010327 | 江苏省 | 南京市 | 本科 | |
| 江苏警官学院 | 4132010329 | 江苏省 | 南京市 | 本科 | |
| 南京体育学院 | 4132010330 | 江苏省 | 南京市 | 本科 | |
| 南京艺术学院 | 4132010331 | 江苏省 | 南京市 | 本科 | |
| 三江学院 | 4132011122 | 江苏省教育厅 | 南京市 | 本科 | 民办 |
| 南京工程学院 | 4132011276 | 江苏省 | 南京市 | 本科 | |
| 南京审计大学 | 4132011287 | 江苏省 | 南京市 | 本科 | |
| 南京晓庄学院 | 4132011460 | 江苏省 | 南京市 | 本科 | |
| 南京特殊教育师范学院 | 4132012048 | 江苏省 | 南京市 | 本科 | |
| 南京森林警察学院 | 4132012213 | 国家林业局 | 南京市 | 本科 | |
| 东南大学成贤学院 | 4132012689 | 江苏省教育厅 | 南京市 | 本科 | 民办 |
| 金陵科技学院 | 4132013573 | 江苏省 | 南京市 | 本科 | |
| 南京大学金陵学院 | 4132013646 | 江苏省教育厅 | 南京市 | 本科 | 民办 |
| 南京理工大学紫金学院 | 4132013654 | 江苏省教育厅 | 南京市 | 本科 | 民办 |
| 南京航空航天大学金城学院 | 4132013655 | 江苏省教育厅 | 南京市 | 本科 | 民办 |
| 中国传媒大学南广学院 | 4132013687 | 江苏省教育厅 | 南京市 | 本科 | 民办 |
| 南京工业大学浦江学院 | 4132013905 | 江苏省教育厅 | 南京市 | 本科 | 民办 |
| 南京师范大学中北学院 | 4132013906 | 江苏省教育厅 | 南京市 | 本科 | 民办 |
| 南京信息工程大学滨江学院 | 4132013982 | 江苏省教育厅 | 南京市 | 本科 | 民办 |
| 南京审计大学金审学院 | 4132013994 | 江苏省教育厅 | 南京市 | 本科 | 民办 |
| 江苏第二师范学院 | 4132014436 | 江苏省 | 南京市 | 本科 |
| 学校名称 | 学校标识码 | 主管部门 | 所在地 | 办学层次 | 备注 |
| 南京工业职业技术学院 | 4132010850 | 江苏省 | 南京市 | 专科 | |
| 江苏经贸职业技术学院 | 4132012047 | 江苏省 | 南京市 | 专科 | |
| 江苏联合职业技术学院 | 4132012678 | 江苏省 | 南京市 | 专科 | |
| 江苏海事职业技术学院 | 4132012679 | 江苏省 | 南京市 | 专科 | |
| 应天职业技术学院 | 4132012680 | 江苏省教育厅 | 南京市 | 专科 | 民办 |
| 南京交通职业技术学院 | 4132012804 | 江苏省 | 南京市 | 专科 | |
| 南京科技职业学院 | 4132012920 | 江苏省 | 南京市 | 专科 | |
| 正德职业技术学院 | 4132012921 | 江苏省教育厅 | 南京市 | 专科 | 民办 |
| 钟山职业技术学院 | 4132012922 | 江苏省教育厅 | 南京市 | 专科 | 民办 |
| 金肯职业技术学院 | 4132013100 | 江苏省教育厅 | 南京市 | 专科 | 民办 |
| 南京铁道职业技术学院 | 4132013106 | 江苏省 | 南京市 | 专科 | |
| 南京信息职业技术学院 | 4132013112 | 江苏省 | 南京市 | 专科 | |
| 南京视觉艺术职业学院 | 4132013964 | 江苏省教育厅 | 南京市 | 专科 | 民办 |
| 江苏城市职业学院 | 4132014000 | 江苏省 | 南京市 | 专科 | |
| 南京城市职业学院 | 4132014001 | 江苏省 | 南京市 | 专科 | |
| 南京机电职业技术学院 | 4132014056 | 江苏省 | 南京市 | 专科 | |
| 南京旅游职业学院 | 4132014180 | 江苏省 | 南京市 | 专科 | |
| 江苏卫生健康职业学院 | 4132014255 | 江苏省 | 南京市 | 专科 |
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