（一）著作：
《非均衡的中国政治：城市与乡村比较》，中国广播电视出版社，1992年。
《中国农村村民自治》，华中师范大学出版社，1997年。
《乡村治理与中国政治》，中国社会科学出版社2003年。
合著：《中国城市社区自治》，武汉出版社，2002年。
合著：《流动中的乡村治理》，中国社会科学出版社，2003年。
《地方政府学》，高教出版社2005年版
……
（二）论文：
《中国民主之路：从形式到实体》，《开放时代》2000年第5期。
《草根民主的崛起：价值与限度》，《中国社会科学季刊》2000年夏季号。
《权力重组：能人权威的崛起和转换——广东省万丰村先行一步的放权改革及启示》，《政治学研究》1999年第1期。
《民主化进程中的政府主动性——四川省达州市村民自治示范活动调查与启示》， 《战略与管理》1997年第3期。
《村干部的双重角色：代理人与当家人》，《二十一世纪》1997年第8期。
《GOVERNANCE：治理的阐释》，《政治学研究》1997年第1期。
《农民流动、SARS与公民保障网络》，《福建师范大学学报》2003年05期
《现代国家建构中的非均衡性和自主性分析》，《华中师大学报》2003年05期
《村民自治：中国宪政制度的创新》，《中共党史研究》 2003年01期
《乡级政府为派出机构》，《决策咨询》 2003年05期
《从新权威主义到新民本主义》，《决策咨询》2003年9期
《内核-边层：可控的放权式改》，《开放时代》2003年01期
《对阶级划分的冷思考》，《探索与争鸣》2003年01期
《乡村治理结构改革的走向——强村、精乡、简县》，《战略与管理》2003年04期
《以村民自治促进人口管理》，《人口与计划生育》2003年11期
《走向新民本主义——中国改革发展的路向及转变》，《探索与争鸣》2003年09期
《精乡扩镇、乡派镇治：乡级治理体制的结构性改革》，《江西社会科学》2004年1期
《土地问题的实质是国家与农民的关系问题》，《探索与争鸣》2004年01期
《民主政治与社会主义政治文明建设》，《山东科技大学学报》2004年02期
《现代化视野中的“三农问题”》 ，《理论月刊》 2004年09期
《阶梯性社会与“三农”的提升》，《华中师范大学学报》2004年06期
《村民自治的成长：行政放权与社会发育——1990年代以来中国村民自治发展困境的反思》，《华中师范大学学报》2005年第2期
《农村总和改革：改革重心的转移》，《华中师范大学学报》2006年第5期
《中部农业主产区崛起的战略选择——关于构建第五增长级的思考》，《财政与发展》2005年第10期
《回归国家与现代国家的构建》《东南学术》2006年第4期
《再识农户与社会化小农的构建》，《华中师范大学学报》2006年第3期
《当前中国农村研究方法论问题的反思》《河北学刊》2006年第2期
《公民国家的构建与农村公共产品的供给》《华中师范大学学报》2006年第2期
《追寻现代国家国家足迹，记录现代学术风云——评《20世纪中国社会科学政治学卷》》，《江汉论坛》2006年第2期
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主要中文论文：
1. 于文轩：“典型国家能源节约法制及其借鉴意义——以应对气候变化为背景”，载《中国政法大学学报》2015年第6期。
2. 于文轩：“论我国石油储备法律机制之构建”，载《中国政法大学学报》2014年第6期。
3. 于文轩：“我国环境监察立法的问题与完善”，载《环境与可持续发展》2014年第2期。
4. 于文轩：“环境健康损害赔偿：美国的实践及其借鉴意义”，载《甘肃政法学院学报》2013年第4期。
5. 于文轩：“国外环境保护立法经验借鉴”，载《环境保护》2013年第16期。
6. 于文轩：“设立气候资源所有权不利于可再生能源产业健康发展”，载《中国政法大学学报》2012年第6期。
7. 于文轩：“美国能源安全立法及其对我国的借鉴意义”，《中国政法大学学报》2011年第6期。
8.于文轩：“自然资源物权：政策倾向与调整手段”，载《山东科技大学学报（社会科学版）》2012年第1期。
9.于文轩：“环境法的价值追求与个性表达”，载徐祥民主编：《中国环境法学评论（第七卷）》，科学出版社2011年版。
10.于文轩：“我国综合性石油天然气立法初探”，载肖国兴、叶荣泗主编：《中国能源法研究报告》，法律出版社2010年8月版。
11.于文轩：“石油天然气法基本原则探析——以应对气候变化为背景”，载中国社会科学院法院法学研究所社会法研究室：《中国环境法治2009年卷（上）》，法律出版社2010年3月版。
12.于文轩：“环境行政处罚：规则完善与困境破解”，载《环境保护》2010年第6期。
13.于文轩：“论生物安全法的风险预防原则”，载薛达元主编：《转基因生物风险评估与安全管理》，中国环境科学出版社2009年版。
14.于文轩：“生物多样性的知识产权保护：国际观点和中国应对”，载徐祥民主编：《中国环境资源法学评论（2008年卷）》，人民出版社2009年7月版。
15.于文轩：“环境损害赔偿无过错责任原则及其与相关机制的协调”，《上海政法学院学报》2009年第6期。
16.于文轩：“生物安全法的秩序价值探析”，载《中国环境法治2008年卷》，法律出版社2009年6月版。
17.于文轩：“生物安全法之效率价值探析”，载《清华法学》2009年第3期。
18.于文轩，王灿发：“我国环境法教学模式的反思与探索”，载《当代法学》2009年第2期。
19.王灿发，于文轩：“论我国环境法学的课程设置与教材建设”，载《当代法学》2008年第6期。
20.于文轩：“中国动物遗传资源立法存在的问题及其应对”，载常纪文、Paul Littlefair主编：《动物福利法治：焦点与难点》，法律出版社2008年版。
21.于文轩：“我国生物安全应急处理制度现状与完善”，载徐祥民主编：《中国环境资源法学评论（2007年卷）》，人民出版社2008年版。
22.于文轩：“生物安全法之正义价值探析——以罗尔斯正义理论为视角”，载《法商研究》2008年第2期.
23.于文轩，沈晓悦，陈赛：“保障与监督：改进环境执法工作的必经之途”，载《环境保护》2008年第2A期。
24.于文轩：“生物安全损害赔偿国际立法研究”，载《环境保护》2007年第7A期 。
25.于文轩：“物权法相邻关系制度之环境保护功能分析”，载《研究生法学》2007年第3期。
26.于文轩：“论转基因生物安全应急处理制度”，载王树义主编：《可持续发展与中国环境法治：生态安全及其立法问题专题研究》，科学出版社2007年版。
27.王灿发，于文轩，李丹，李俊红：“我国环境立法的困境与出路——以松花江污染事件为视角”，载《中州学刊》2007年第1期。
28.于文轩：“论环境损害赔偿专门立法中的无过错责任原则”，载《法学论坛》2005年第5期。
29.王灿发，于文轩：“‘圆明园铺膜事件’对环境影响评价法的拷问”，载《中州学刊》2005年第5期。
30.赵红梅，于文轩：“环境权的法理念解析与法技术构造”，载《法商研究》2004年第3期。
31.王灿发，于文轩：“论生物安全国际法的基本原则”，载《现代法学》2003年第4期。
主要英文论文：
1.Wenxuan Yu: Biodiversity Conservation Law, Qin Tianbao: Research Handbook on Chinese Environmental Law, Edward Elgar Publishing, May 2015.
2. Wenxuan Yu, Jingjing Liu and Po Dong: The impacts of climate change on indigenous populations inChina and legal remedies, see Randall S. Abate & Elizabeth Ann Kronk: Climate Change and Indigenous Peoples: The Search for Legal Remedies, Edward Elgar Publishing Limited 2013.
3. Wenxuan Yu, Jason Czarnezki: Challenges in China’s Natural Resource Conservation and Biodiversity Legislation, Environmental Law (Lewis & Clark Law School) Vol. 43, No. 1.
4. Wenxuan Yu, Canfa Wang: Agro-GMO Biosafety Legislation in China: Current Situation, Challenges and Solutions, Vermont Journal of Environmental Law 2012(13).
5. Wenxuan Yu: Low-Carbon and More: Challenges and Solutions of China's Coal Industry Legislation, Vermont Journal of Environmental Law 2011(13).
6. Wenxuan Yu: Biosafety Legislation in China, Berkshire Encyclopedia of Sustainability, Vol. 7: China, India, and East and Southeast Asia: Assessing Sustainability, Berkshire Publishing Group, May 2012.
7. Wenxuan Yu: Biodiversity Conservation Legislation in China, Berkshire Encyclopedia of Sustainability, Vol. 7: China, India, and East and Southeast Asia: Assessing Sustainability, Berkshire Publishing Group, May 2012.
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