《高等职业教育创新发展行动计划（2015—2018 年）》项目认定骨干专业：护理、临床医学
省级特色专业: 临床医学、护理、口腔医学、医学检验技术、医学影像技术、助产 ；
教育部、财政部支持的提升专业服务产业发展能力建设专业: 临床医学、医学检验技术专业 ；
省级综合改革试点专业: 医学检验、口腔医学。
| 系部 | 简称 |
| 商丘医学高等专科学校临床医学系 | 临床系 |
| 商丘医学高等专科学校口腔医学系 | 口医系 |
| 商丘医学高等专科学校医学技术系 | 医技系 |
| 商丘医学高等专科学校护理系 | 护理系 |
| 商丘医学高等专科学校基础医学部 | 基础部 |
| 商丘医学高等专科学校公共学科部 | 公学部 |
| 商丘医学高等专科学校社会科学部 | 社科部 |
| 商丘医学高等专科学校成教部 | 成教部 |
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