制药工程的本科主修课程主要有生物化学、有机化学、物理化学、化工原理、药物合成化学、制药工艺学、药物化学、药理学、药剂学、药物分析、天然药物化学等。
该专业要求学生掌握化学、药学、制药工程和化学工艺等方面的基础理论和基本知识，掌握药物合成，有机精细化学品的基本合成、改性和配方的基本原理和基本技能，培养具有制药过程方面的生产、经营管理、科研开发、应用研究的高级工程技术人才。
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